用内切葡聚糖酶处理纺织品的方法_2

文档序号:8268815阅读:来源:国知局
载体进行转化、转染、转导等是易感的。术语"宿主细胞"涵 盖由于复制期间发生的突变而与亲本细胞不同的亲本细胞的任何后代。
[0048] 分离的:术语"分离的"意指处于自然界中不出现的形式或环境中的物质。分离 的物质的非限制性实例包括:(1)任何非天然存在的物质;(2)至少部分地从与其天然相 关联的一种或多种或所有天然存在的成分中去除的任何物质,包括但不限于任何酶、变体、 核酸、蛋白质、肽或辅因子;(3)相对于在自然界中发现的那种物质通过人工修饰的任何物 质;或(4)通过相对于与其天然相关联的其他组分增加该物质的量(例如,宿主细胞中的重 组体产量;编码该物质的基因的多个拷贝;以及比与编码该物质的基因天然相关联的启动 子更强的启动子的使用)而修饰的任何物质。
[0049] 成熟多肽:术语"成熟多肽"意指在翻译和任何翻译后修饰(例如N-端加工、C-端 截短、糖基化、磷酸化等)之后处于其最终形式的多肽。在本发明的一个方面,基于预测SEQ ID NO: 2的氨基酸1至21是信号肽的SignalP3. 0程序(本特森(Bendtsen)等人,2004,分 子生物学杂志(J. Mol. Biol.) 340:783-795),成熟多肽是SEQ ID NO: 2的氨基酸22至294。 这进一步由N-末端测序确认,显示成熟肽从ASGSGK开始,其与SEQ ID NO: 2的氨基酸1至 21是信号肽的预测一致。
[0050] 本领域中已知的是,一个宿主细胞可以产生由同一多核苷酸表达的两种或更多种 不同成熟多肽(即,具有不同C-末端和/或N-末端氨基酸)的混合物。本领域还已知,不 同的宿主细胞不同地加工多肽,并且因此一个表达一种多核苷酸的宿主细胞当与另一个表 达相同多核苷酸的宿主细胞相比时可以产生一种不同的成熟多肽(例如,具有一个不同的 C-末端和/或N-末端氨基酸)。在一个方面,我会使用氨基酸的范围,例如该成熟多肽可 以比预测的成熟多肽长或短达7、6、5、4、3、2或1个氨基酸,或可组成具有不同长度但具有 基本相同功能的成熟多肽的混合物。
[0051] 成熟多肽编码序列:术语"成熟多肽编码序列"是指编码具有内切葡聚糖酶活性 的成熟多肽的多核苷酸。在一个方面,该成熟多肽编码序列是SEQ ID NO: 1的核苷酸75至 893,并且SEQ ID NO: 1的核苷酸12至74编码信号肽。
[0052] 中严谨度条件:术语"中严谨度条件"是指对于长度为至少100个核苷酸的探针而 言,遵循标准 DNA 印迹(Southern blotting)程序,在 42°C下在 5X SSPE、0.3% SDS、200 微 克/ml剪切并变性的鲑鱼精子DNA和35%甲酰胺中预杂交和杂交12至24小时。载体材料 最终使用0. 2X SSC、0. 2% SDS,在55°C下洗涤三次,每次15分钟。
[0053] 中-高严谨度条件:术语"中-高严谨度条件"是指对于长度为至少100个核苷 酸的探针而言,遵循标准DNA印迹(Southern blotting)程序,在42°C下在5X SSPE、0. 3% SDS、200微克/ml剪切并变性的鲑鱼精子DNA和35%甲酰胺中预杂交和杂交12至24小时。 载体材料最终使用〇. 2X SSC、0. 2% SDS,在60°C下洗涤三次,每次15分钟。
[0054] 核酸构建体:术语"核酸构建体"意指单-链或双链的一种核酸分子,该核酸分子 是从天然存在的基因中分离的,或者以一种本来不存在于自然界中的方式被修饰成含有核 酸的区段,或者是合成的,该核酸分子包含一个或多个控制序列。
[0055] 可操作地连接:术语"可操作地连接"意指如下的配置,其中控制序列被放置在相 对于多核苷酸的编码序列的适当位置处,使得控制序列指导编码序列的表达。
[0056] 序列一致性:两个氨基酸序列之间或两个核苷酸序列之间的关联性通过参数"序 列一致性"来说明。
[0057] 出于本发明的目的,使用如在EMBOSS包(EMBOSS :欧洲分子生物学开放软件套件 (The European Molecular Biology Open Software Suite),赖斯(Rice)等人,2000,遗传 学趋势(Trends Genet.) 16:276-277)(优选5· 0· 0版或更新版本)的Needle程序中所实 施的尼德尔曼-翁施(Needleman-Wunsch)算法(尼德尔曼和翁施,1970,分子生物学杂志 (J. Mol. Biol. )48:443-453)来测定两个氨基酸序列之间的序列一致性。使用的这些参数 是空位开放罚分10、空位延伸罚分0. 5,以及EBL0SUM62 (BL0SUM62的EMBOSS版本)取代矩 阵。尼德尔标注的"最长的一致性"的输出(使用-非简化选项获得)被用作百分比一致 性,并且如下计算:
[0058] (一致的残基X 100V(比对长度-比对中的空位总数)
[0059] 出于本发明的目的,使用如在EMBOSS包(EMBOSS :欧洲分子生物学开放软件套件, 赖斯等人,2000,同上)(优选5. 0.0版或更新版本)的尼德尔(Needle)程序中所实施的尼 德尔曼-翁施算法(尼德尔曼和翁施,1970,同上)来测定两个脱氧核糖核苷酸序列之间的 序列一致性。使用的这些参数是空位开放罚分10、空位延伸罚分0. 5以及EDNAFULL(NCBI NUC4. 4的EMBOSS版本)取代矩阵。尼德尔标注的"最长的一致性"的输出(使用-非简化 选项获得)被用作百分比一致性,并且如下计算:
[0060] (一致的脱氧核糖核苷酸X 100V(比对长度-比对中的空位总数)
[0061] 子序列:术语"子序列"意指使一个或多个(例如,若干个)核苷酸从成熟多肽编 码序列的5'端和/或3'端缺少的多核苷酸;其中该子序列编码具有内切葡聚糖酶活性的 一个片段。在一个方面中,子序列包含SEQ ID NO: 1的至少749个核苷酸,SEQ ID NO: 1的 至少793个核苷酸或SEQ ID NO: 1的至少837个核苷酸。
[0062] 变体:术语"变体"意指具有内切葡聚糖酶活性的、在一个或多个(例如,若干个) 位置处包含改变(即取代、插入和/或缺失)的一个多肽。取代意指占据一个位置的氨基 酸被一个不同的氨基酸置换;缺失意指除去占据一个位置的氨基酸;并且插入意指与占据 一个位置的氨基酸相邻来添加一个或多个(例如,若干个)氨基酸,例如1-5个氨基酸。
[0063] 非常高严谨度条件:术语"非常高严谨度条件"是指对于长度为至少100个核苷酸 的探针而言,遵循标准DNA印迹程序,在42°C下在5X SSPE、0. 3 % SDS、200微克/ml剪切并 变性的鲑鱼精子DNA和50%甲酰胺中预杂交和杂交12至24小时。载体材料最终使用0. 2X SSC、0. 2% SDS,在70°C下洗涤三次,每次15分钟。
[0064] 纺织品:此处使用术语"纺织品"意在包括纤维、纱线、织物以及衣服。
[0065] 织物可以由纤维通过机织(weaving)、针织(knitting)或无纺操作(non-woven operation)来构建。纺织和针织需要纱线作为输入(input),而无纺织物是随机连接纤维 的结果(可以把毡认为是无纺的)。在本语境中,术语"织物"也旨在包括纤维和其他类型 的加工的织物。
[0066] 根据本发明,本发明的方法可以应用于本领域中已知的任何纺织品(机织物、 针织物、或无纺物)。具体地,本发明的工艺可应用于含有纤维素的纺织品或纤维素纺织 品,如棉、粘胶、人造纤维、苎麻、亚麻制品、莱赛尔纤维(Iyocell)(例如:考陶尔兹纤维 (Courtaulds Fibers)生产的天丝(Tencel)),或其混合物,或这些纤维中任一种与合成纤 维(如聚酯、聚酰胺、尼龙)或其他天然纤维(如毛料和丝)的混合物,例如粘胶/棉混纺 物(blend)、莱赛尔纤维/棉混纺物,粘胶/毛料混纺物、莱赛尔纤维/毛料混纺物、棉/毛 料混纺物;亚麻(flax)(亚麻制品(linen))、苎麻和其他基于纤维素纤维的织物,包括所有 的纤维素纤维与其他纤维如毛料、聚酰胺、丙烯酸和聚酯纤维的混纺物,例如粘胶/棉/聚 酯混纺物、毛料/棉/聚酯混纺物、亚麻/棉混纺物等。
[0067] 发明详细说明
[0068] 具有内切葡聚糖酶活件的多肽
[0069] 本发明涉及一种用于通过将纺织品用选自下组的一种具有内切葡聚糖酶活性的 分离的多肽进行处理来处理纺织品的方法,该组由以下各项组成:
[0070] (a) -种与SEQ ID NO:2的成熟多肽具有至少80%序列一致性的多肽;
[0071] (b) -种由在中、中-高、高、或非常高严谨度条件下与⑴SEQ ID NO: 1的成熟多 肽编码序列或(ii) (i)的全长互补链杂交的多核苷酸编码的多肽;
[0072] (c) -种由与SEQ ID NO: 1的成熟多肽编码序列具有至少80%序列一致性的多核 苷酸编码的多肽;
[0073] (d) -种在一个或多个(例如若干个)位置处包括一个取代、缺失、和/或插入的 SEQ ID NO: 2的成熟多肽的变体;以及
[0074] (e) -个(a)、(b)、(c)或(d)的多肽的片段,该片段具有内切葡聚糖酶活性;
[0075] 其中该方法是在15°C -65°C的温度范围下进行。
[0076] 在本发明中,这种具有内切葡聚糖酶活性的分离的多肽与SEQ ID N0:2的成熟多 肽具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少 99%、或100%的序列一致性。在一个方面,这些多肽与SEQ ID N0:2的成熟多肽具有多达 10个,例如1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、或10个氨基酸的差异。
[0077] 本发明的多肽优选地包括或其组成为SEQ ID NO: 2的氨基酸序列或其等位基因变 体;或是其具有内切葡聚糖酶活性的片段。在另一个方面,多肽包括SEQ ID N0:2的成熟多 肽或由其组成。在另一个方面,该多肽包括SEQ ID NO:2的氨基酸22至294或由其组成。
[0078] 在一个实施例中,该多肽不是SEQ ID N0:2的少于200个氨基酸的成熟多肽片段。
[0079] 在另一个实施例中,本发明的具有内切葡聚糖酶活性的多肽由以下多核苷酸编 码:该多核苷酸在中严谨度条件、中-高严谨度条件、高严谨度条件下或非常高严谨度条 件下与(i)SEQ ID N0:1的成熟多肽编码序列、或的全长互补体杂交(萨拉布 鲁克(Sambrook)等人,1989,分子克隆:实验室手册(Molecular Cloning:A Laboratory Manual),第二版,冷泉港(Cold Spring Harbor),纽约)。
[0080] SEQ ID NO: 1的多核苷酸或其子序列、连同SEQ ID Ν0:2的多肽或其片段可根据本 领域熟知的方法用于设计核酸探针以鉴定和克隆对来自不同属或种的株系的具有内切葡 聚糖酶活性的多肽进行编码的DNA。具体而言,可以根据标准DNA印迹程序,使用这类探针 与感兴趣的细胞的基因组DNA或cDNA杂交,以便鉴别和分离其中的对应基因。这类探针可 以明显短于完整序列,但是长度应为至少15,例如至少25、至少35、或至少70个核苷酸。优 选地,该核酸探针的长度为至少100个核苷酸,例如长度为至少200个核苷酸、至少300个 核苷酸、至少400个核苷酸、至少500个核苷酸、至少600个核苷酸、至少700个核苷酸、至 少800个核苷酸、或至少900个核苷酸。DNA和RNA探针都可使用。典型地将探针进行标 记(例如,用呷、 311、355、生物素、或抗生物素蛋白),以检测相应的基因。本发明涵盖此类探 针。
[0081] 可以针对与以上描述的探针杂交的并且编码出具有内切葡聚糖酶活性的多肽的 DNA对由这类其他菌株制备的基因组DNA或cDNA库进行筛选。来自这类其他菌株的基因 组DNA或其他DNA可以通过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳,或其他分离技术来分离。来自 文库的DNA或分离的DNA可转移到并固定在硝酸纤维素或其他适合的载体材料上。为了鉴 别与SEQ ID NO: 1或其子序列杂交的克隆或DN
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