一种基于CPU+MIC异构平台的SIFT并行算法的制作方法

文档序号:11156063阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种基于CPU+MIC异构平台的SIFT并行算法,其特征在于,对SIFT算法中核心模块进行MIC上的加速,利用消息传递机制系统,对当前多序列进行分割,形成多条单蛋白质序列,对每条蛋白质序列进行并行加速处理、在数据库中进行序列比对,挖掘其并行度。

2.如权利要求1所述的基于CPU+MIC异构平台的SIFT并行算法,其特征在于,具体包括:第一步,初始化各参数,包括查询长度、打分矩阵、阈值T、比对序列数据库、迭代次数、显著性分析的期望值、比对长度等,对序列比对模块PSIBLAST并行计算;

第二步,对蛋白质多序列数据按照生物信息学的标准进行分割处理;

第三步,利用MPI消息传递机制进行多条蛋白质数据序列的分发,分发至MIC集群进行加速运算;

第四步,比对结果输出对齐统计、根据种子中位选择蛋白质序列、序列排序、生成预测信息、数据合并处理。

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