库和 由测试样品产生的cDNA文库混合以提供核酸混合物；(b)使所述核酸混合物与一组探针在 足以使所述核酸与所述探针杂交的条件下接触，其中所述探针与存在于所述核酸混合物中 的目的核酸互补；以及（c)将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些分离；从而获得富集 的目的核酸群。在一些实施方案中，由测试样品中的总RNA来制备cDNA文库，所述总RNA 例如包括，mRNA、核糖体RNA、核RNA、细胞质RNA、加帽RNA和小RNA。在一些实施方案中，由 移除核糖体RNA的经处理RNA样品来制备cDNA文库。在一些实施方案中，由mRNA来制备 cDNA文库。
[0063] 在一些实施方案中，提供了从测试样品获得富集的目的核酸群的方法，其包括： (a)将测试样品中的RNA逆转录为cDNA ; (b)产生包含基因组DNA序列和cDNA序列的DNA 文库以提供核酸混合物；(b)使所述核酸混合物与一组探针在足以使所述核酸与所述探针 杂交的条件下接触，其中所述探针与存在于所述核酸混合物中的目的核酸互补；以及（C) 将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些分离；从而获得富集的目的核酸群。在一些实施 方案中，用测试样品中的总RNA来进行逆转录，所述总RNA例如包括，mRNA、核糖体RNA、核 RNA、细胞质RNA、加帽RNA和小RNA。在一些实施方案中，用移除核糖体RNA的经处理RNA 样品来进行逆转录。在一些实施方案中，用mRNA来进行逆转录。
[0064] 在一些实施方案中，所述方法还包括分析（例如，测序）所富集的目的核酸。在一 些实施方案中，所述方法还包括在分析之前扩增目的核酸。
[0065] 在另一方面，本申请提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括对包含获自测 试样品之基因组DNA序列和cDNA序列的核酸混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列同时 进行测序。在一些实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括：(a)提供包 含获自测试样品的基因组DNA序列和cDNA序列的核酸混合物；以及（b)对混合物中的基因 组DNA序列和cDNA序列进行测序。在一些实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方 法，其包括：（a)将由测试样品产生的基因组DNA文库和由测试样品产生的cDNA文库混合 以提供核酸混合物；以及（b)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进彳丁测序。在一 些实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括：(a)以预定比率（例如，以约 10 : 1、5 : 1、2 : 1、1 : 1、1 : 2、1 : 5、1 : 10的比率）将由测试样品产生的基因组DNA 文库和由测试样品产生的cDNA文库混合以提供核酸混合物；以及（b)对混合物中的基因组 DNA序列和cDNA序列进行测序。在一些实施方案中，由测试样品中的总RNA来制备cDNA文 库，所述总RNA例如包括，mRNA、核糖体RNA、核RNA、细胞质RNA、加帽RNA和小RNA。在一些 实施方案中，由移除核糖体RNA的经处理RNA样品来制备cDNA文库。在一些实施方案中， 由mRNA来制备cDNA文库。
[0066] 在一些实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括：(a)将所述测 试样品中的RNA逆转录为cDNA;(b)产生包含基因组DNA序列和cDNA序列的DNA文库以提 供核酸混合物；以及（c)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进行测序。在一些实施 方案中，用测试样品中的总RNA来进行逆转录，所述总RNA例如包括，mRNA、核糖体RNA、核 RNA、细胞质RNA、加帽RNA和小RNA。在一些实施方案中，用移除核糖体RNA的经处理RNA 样品来进行逆转录。在一些实施方案中，用mRNA来进行逆转录。
[0067] 在一些实施方案中，在分析之前，使核酸混合物经历富集步骤。因此，例如，在一些 实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括：(a)使所述核酸混合物与一组 探针在足以使所述核酸与所述探针杂交的条件下接触，其中所述探针与存在于所述核酸混 合物中的目的核酸互补，并且其中核酸混合物包含获自测试样品的基因组DNA序列和cDNA 序列；(b)将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些分离；从而获得富集的目的核酸群；以 及（c)对目的核酸进行测序。
[0068] 在一些实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括：(a)提供包含 获自测试样品的基因组DNA序列和cDNA序列的核酸混合物；(b)使所述核酸混合物与一组 探针在足以使所述核酸与所述探针杂交的条件下接触，其中所述探针与存在于所述核酸混 合物中的目的核酸互补；（c)将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些分离；从而获得富 集的目的核酸群；以及（d)对目的核酸进行测序。在一些实施方案中，提供了表征测试样 品中的核酸的方法，其包括：（a)将由测试样品产生的基因组DNA文库和由测试样品产生的 cDNA文库混合以提供核酸混合物；(b)使所述核酸混合物与一组探针在足以使所述核酸与 所述探针杂交的条件下接触，其中所述探针与存在于所述核酸混合物中的目的核酸互补； (c)将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些分离；从而获得富集的目的核酸群；以及（d) 对目的核酸进行测序。在一些实施方案中，以预定比率（例如，以约10 : 1、5 : 1、2 : 1、 1 : 1、1 : 2、1 : 5、1 : 10的比率）来混合基因组DNA文库与cDNA文库。
[0069] 在一些实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括：(a)将测试样 品中的RNA逆转录为cDNA;(b)产生包含基因组DNA序列和cDNA序列的DNA文库以提供核 酸混合物；（c)使所述核酸混合物与一组探针在足以使所述核酸与所述探针杂交的条件下 接触，其中所述探针与存在于所述核酸混合物中的目的核酸互补；（d)将与所述探针杂交 的核酸与未杂交的那些分离；从而获得富集的目的核酸群；以及（e)对目的核酸进行测序。
[0070] 在一些实施方案中，提供了表征测试样品中的核酸的方法，其包括：(a)使由测试 样品产生的基因组DNA文库与第一组探针在足以使基因组DNA与所述第一组探针杂交的条 件下接触，其中所述第一组探针与存在于所述基因组DNA文库中的目的核酸互补；(b)将与 所述第一组探针杂交的基因组DNA与未杂交的那些分离；从而获得富集的目的基因组DNA 群；（c)使由测试样品产生的cDNA文库与第二组探针在足以使cDNA与所述第二组探针杂 交的条件下接触，其中所述第二组探针与存在于所述cDNA文库中的目的cDNA互补；（d)将 与所述第二组探针杂交的cDNA与未杂交的那些分离；从而获得富集的目的cDNA群；（d)将 所富集的目的基因组DNA与所富集的目的cDNA混合以获得目的核酸群；以及（e)对目的 核酸进行测序。在一些实施方案中，以预定比率（例如，以约10 : 1、5 : 1、2 : 1、1 : 1、 1 : 2、1 : 5、I : 10的比率）来混合所富集的目的基因组DNA与所富集的目的cDNA。
[0071] 本文所述的方法可用于任意一种核酸分析方法，包括但不限于，获得基因组和/ 或转录组的核酸特征谱、对核酸进行测序、确定核酸中是否存在变异、分析核酸的多态性、 分析核酸中的拷贝数变异、分析测试样品中的基因表达水平等。
[0072] 因此，例如，在一些实施方案中，提供了获得测试样品中的基因组和转录组的核酸 特征谱的方法，其包括对包含获自测试样品之基因组DNA序列和cDNA序列的核酸混合物中 的基因组DNA序列和cDNA序列同时进行测序。在一些实施方案中，提供了获得测试样品中 的基因组和转录组的核酸特征谱的方法，其包括：(a)提供包含获自测试样品的基因组DNA 序列和cDNA序列的核酸混合物；以及（b)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进行 测序。在一些实施方案中，提供了获得测试样品中的基因组和转录组的核酸特征谱的方法， 其包括：（a)将由测试样品产生的基因组DNA文库与由测试样品产生的cDNA文库混合以提 供核酸混合物；以及（b)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进行测序。在一些实施 方案中，提供了获得测试样品中的基因组和转录组之核酸特征谱的方法，其包括：(a)以预 定比率（例如，以约10 : 1、5 : 1、2 : 1、1 : 1、1 : 2、1 : 5、1 : 10的比率）将由测试 样品产生的基因组DNA文库与由测试样品产生的cDNA文库混合以提供核酸混合物；以及 (b)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进行测序。在一些实施方案中，由测试样品 中的总RNA来制备cDNA文库，所述总RNA例如包括，mRNA、核糖体RNA、核RNA、细胞质RNA、 加帽RNA和小RNA。在一些实施方案中，由移除核糖体RNA的经处理RNA样品来制备cDNA 文库。在一些实施方案中，由mRNA来制备cDNA文库。
[0073] 在一些实施方案中，提供了获得测试样品中的基因组和转录组之核酸特征谱的方 法，其包括：（a)将测试样品中的RNA逆转录为cDNA ; (b)产生包含基因组DNA序列和cDNA 序列的DNA文库以提供核酸混合物；以及（c)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进 行测序。在一些实施方案中，用测试样品中的总RNA来进行逆转录，所述总RNA包括例如， mRNA、核糖体RNA、核RNA、细胞质RNA、加帽RNA和小RNA。在一些实施方案中，用移除核糖 体RNA的经处理RNA样品来进行逆转录。在一些实施方案中，用mRNA来进行逆转录。
[0074] 在一些实施方案中，提供了获得测试样品中的目的基因组DNA和RNA之核酸特征 谱的方法，其包括：(a)使所述核酸混合物与一组探针在足以使所述核酸与所述探针杂交 的条件下接触，其中所述探针与存在于所述核酸混合物中的目的核酸互补，并且其中核酸 混合物包含获自测试样品的基因组DNA序列和cDNA序列；(b)将与所述探针杂交的核酸与 未杂交的那些分离；从而获得富集的目的核酸群；以及（c)对目的核酸进行测序。在一些 实施方案中，提供了获得测试样品中的目的基因组DNA和RNA的核酸特征谱的方法，其包 括：（a)提供包含获自测试样品的基因组DNA序列和cDNA序列的核酸混合物；(b)使所述核 酸混合物与一组探针在足以使所述核酸与所述探针杂交的条件下接触，其中所述探针与存 在于所述核酸混合物中的目的核酸互补；（c)将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些分 离；从而获得富集的目的核酸群；以及（d)对目的核酸进行测序。在一些实施方案中，提供 了获得测试样品中目的基因组DNA和RNA之核酸特征谱的方法，其包括：(a)将由测试样品 产生的基因组DNA文库与由测试样品产生的cDNA文库混合以提供核酸混合物；(b)使所述 核酸混合物与一组探针在足以使所述核酸与所述探针杂交的条件下接触，其中所述探针与 存在于所述核酸混合物中的目的核酸互补；（c)将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些 分离；从而获得富集的目的核酸群；以及（d)对目的核酸进行测序。在一些实施方案中，以 预定比率（例如，以约10 : 1、5 : 1、2 : 1、1 : 1、1 : 2、1 : 5、1 : 10的比率）来混合 基因组DNA文库与cDNA文库。
[0075] 在一些实施方案中，提供了获得测试样品中的目的基因组DNA和RNA之核酸特征 谱的方法，其包括：（a)将测试样品中的RNA逆转录为cDNA ; (b)产生包含基因组DNA序列 和cDNA序列的DNA文库以提供核酸混合物；（c)使所述核酸混合物与一组探针在足以使所 述核酸与所述探针杂交的条件下接触，其中所述探针与存在于所述核酸混合物中的目的核 酸互补；（d)将与所述探针杂交的核酸与未杂交的那些分离；从而获得富集的目的核酸群； 以及（e)对目的核酸进行测序。
[0076] 在一些实施方案中，提供了获得测试样品中的目的基因组DNA和RNA之核酸特征 谱，其包括：（a)使由测试样品产生的基因组DNA文库与第一组探针在足以使所述基因组 DNA与所述第一组探针杂交的条件下接触，其中所述第一组探针与存在于所述基因组DNA 文库中的目的核酸互补；(b)将与所述第一组探针杂交的基因组DNA与未杂交的那些分离； 从而获得富集的目的基因组DNA群；（c)使由测试样品产生的cDNA文库与第二组探针在足 以使所述cDNA与所述第二组探针杂交的条件下接触，其中所述第二组探针与存在于所述 cDNA文库中的目的cDNA互补；（d)将与所述第二组探针杂交的cDNA与未杂交的那些分离； 从而获得富集的目的cDNA群；（d)将所富集的目的基因组DNA与所富集的目的cDNA混合以 获得目的核酸群；以及（e)对目的核酸进行测序。在一些实施方案中，以预定比率（例如， 以约10 : 1、5 : 1、2 : 1、1 : 1、1 : 2、1 : 5、1 : 10的比率）来混合所富集的目的基因 组DNA与所富集的目的cDNA。
[0077] 在一些实施方案中，提供了同时确定测试样品中的遗传变异和RNA转录物中的变 异的方法，其包括对包含获自测试样品的基因组DNA序列和cDNA序列的核酸混合物中的基 因组DNA序列和cDNA序列同时进行测序。在一些实施方案中，提供了同时确定遗传变异和 RNA转录物中的变异的方法，其包括：（a)提供包含获自测试样品的基因组DNA序列和cDNA 序列的核酸混合物；以及（b)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进行测序。在一些 实施方案中，提供了同时确定遗传变异和RNA转录物中的变异的方法，其包括：(a)将由测 试样品产生的基因组DNA文库与由测试样品产生的cDNA文库混合以提供核酸混合物；以及 (b)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA序列进行测序。在一些实施方案中，提供了同时 确定遗传变异和RNA转录物中的变异的方法，其包括：(a)以预定比率（例如，以约10 : 1、 5 : 1、2 : 1、1 : 1、1 : 2、1 : 5、1 : 10的比率）将由测试样品产生的基因组DNA文库 与由测试样品产生的cDNA文库混合以提供核酸混合物；以及（b)对混合物中的基因组DNA 序列和cDNA序列进行测序。在一些实施方案中，由测试样品中的总RNA来制备cDNA文库， 所述总RNA例如包括，mRNA、核糖体RNA、核RNA、细胞质RNA、加帽RNA和小RNA。在一些实 施方案中，由移除核糖体RNA的经处理RNA样品来制备cDNA文库。在一些实施方案中，由 mRNA来制备cDNA文库。
[0078] 在一些实施方案中，提供了同时确定测试样品中的遗传变异和RNA转录物中的变 异的方法，其包括：（a)将测试样品中的RNA逆转录为cDNA ; (b)产生包含基因组DNA序列 和cDNA序列的DNA文库以提供核酸混合物；以及（c)对混合物中的基因组DNA序列和cDNA 序列进行测序。在一些实施方案中，用测试样品中的总RNA来进行逆转录，所述总RNA例如 包括，mRNA、核糖体RNA、核RNA、细胞质RNA、加帽RNA和小RNA。在一些实施方案中，用移除 核糖体RNA的经处理RNA样品来进行逆转录。在一些实施方案中，用mRNA来进行逆转录。
[0079] 在一些实施方案中，提供了同时确定测试样品中的遗传变异和RNA转录物中的变