发色团修饰的脱氧核苷亚磷酰胺单体化合物及其制备方法和应用_3

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2 (m, 2H), 3. 17-3. 18 (m, 1H) ,3. 07-3. 08 (m, 1H), 2. 26-2. 42 (m, 2H), 1. 40-1. 45 (dd,J= 25Hz, 3H), 1. 07-1. 12 (q,J =8.OHz, 6. 4Hz, 9H), 0. 98-1. 00(d,J= 8.OHz, 3H). 31P-NMR(162MHz,CDC13)δ= 147. 9, 148. 7.MS(ESI-TOF+),理论值 906. 10,C54H56N30sP;测量值[M+Na]+929. 74.
[0069] 磷酸位置刚性亚甲基链接芘的胸苷亚磷酰胺单体合成见图1 (b)。对于芘修饰的其 它A,G和C亚磷酰胺单体,通过该方法可以快速合成。
[0070] 实施例3磷酸位置茈丙醇修饰亚磷酰胺单体的合成
[0071] 化合物Perylene-Ι的合成
[0072] 在氮气保护下,双二异丙基氨基氯化磷(293mg,1.ImmoL)溶解于5mL无水四氢咲 喃中,并加入lmL三乙胺,冰浴冷却至0°C。花丙醇(310mg,1.OmmoL)氮气保护下溶解于lmL 无水四氢呋喃,逐滴加入前者溶液中,室温搅拌过夜。反应完毕后,快速过滤掉不溶物,滤液 迅速旋干得到黄色固体。不做进一步处理,直接用于下步反应。
[0073] 化合物Perylene-dC的合成
[0074] 在氮气保护下,DMT保护的脱氧胞苷(412mg,0. 65mmoL)和四氮唑(80mg, 1.ImmoL)溶解于1. 5mL无水二氯甲烧中。上部反应得到的Perylene-1全部在 氮气保护下溶解于1.5mL无水二氯甲烷,加入到前者溶液中。室温反应2小时, 混合溶液直接上柱分离,洗脱剂为石油醚/乙酸乙酯/三乙胺1:1:0.03,得到 黄色泡沫状固体 380mg(0. 35mmoL,两步产率 35. 4 % )。Α-ΝΜΚ^ΟΟΜΗζ,ΟΧ^) δ= 8. 40 (s, 1H) , 8. 14 (m, 4H) , 7. 86 (m, 2H) , 7. 71 - 7. 40 (m, 10H) , 7. 36 -7. 20 (m, 9H),6. 83 (m, 4H),6. 39 - 6. 26 (m, 1H),4. 74 (m, 1H),4. 25 (m, 1H),3. 91 - 3. 42 (m,11H),3. 10 (m,2H),2. 00 (m,2H),1. 29 (m,4H),1. 26 - 1. 09 (m,12H)·31P-NMR(162MHz, CDC13)δ= 148. 0, 148. 5.MS(ESI-T0F+),理论值 1072. 45,C66H65N40sP;测量值[M+H]+1073. 6 1, [M+Na]+1095. 67.
[0075] 化合物Perylene-dT的合成
[0076] 在氮气保护下,DMT保护的脱氧胸苷(354mg,0. 65mmoL)和四氮唑(80mg,1.ImmoL) 溶解于1. 5mL无水二氯甲烷中。上部反应得到的Perylene-1全部在氮气保护下溶解于 1. 5mL无水二氯甲烷,加入到前者溶液中。室温反应2小时,混合溶液直接上柱分离,洗脱 剂为石油醚/乙酸乙酯/三乙胺1:1:0. 03,得到黄色泡沫状固体336mg(0. 37mmoL,两步产 率 37. 2 %。iH-NMRGOOMHz,CDC13)δ= 8. 26-8. 05 (m,5H),7. 96-7. 73 (m,2H),7. 72-7. 35 ( m,10H),7. 27 - 7. 17 (m,2H),6. 84-6. 76 (m,3H),6. 48 - 6. 40 (dd,1H),4. 71 (m,1H),4. 26-4. 0 8 (m,2H),3. 80 - 3. 70 (m,6H),3. 59 (t,1H),3. 52-3. 32 (dd,2H),3. 17-3. 00 (m,2H),2. 61-2. 4 8 (m, 1H),2. 38-2. 28 (m, 1H),2. 19-1. 93 (m, 4H),1. 44-1. 38 (m, 3H),1. 38 - 1. 24 (m, 12H).31P -NMR(162MHz,CDC13)δ= 146. 9, 147. 6.MS(ESI-T0F+),理论值 983. 43,C60H62N3OsP;测量值 [M+Na]+1006. 66.
[0077] 化合物Perylene-dG的合成
[0078] 在氮气保护下,DMT保护的脱氧鸟苷(416mg,0. 65mmoL)和四氮唑(80mg, 1.ImmoL)溶解于1. 5mL无水二氯甲烧中。上部反应得到的Perylene-1全部在氮气保 护下溶解于1.5mL无水二氯甲烷,加入到前者溶液中。室温反应2小时,混合溶液直 接上柱分离,洗脱剂为二氯甲烷/乙酸乙酯/三乙胺1:1:0. 03,得到黄色泡沫状固体 346mg(0· 32mmoL,两步产率 32. 0 % )。iH-NMR(400MHz,CDC13)δ= 8. 22-8. 07 (m, 4H),7. 8 8 (dd, 1H),7. 78 (d, 1H),7. 72 - 7. 65 (m, 2H),7. 56 - 7. 44 (m, 5H),7. 40 - 7. 30 (m, 5H),7. 27 - 7. 16 (m, 3H),7. 27 - 7. 16 (m, 3H),6. 84 - 6. 68 (m, 4H),6. 24-6. 10 (m, 1H),4. 83 - 4. 74 (m, 1H),4. 31 (d, 1H),3. 81-3. 58 (m, 9H),3. 37 - 3. 26 (m, 2H),3. 20 - 2. 90 (m, 4H),2. 53 - 2. 45 (m, 1H),2. 13 - 2. 08 (m, 1H),L89 - 1. 62 (m, 1H),L35 - 1. 23 (m, 12H),1. 17 - 1. 08 (m, 6 H). 31P-NMR(162MHz,CDC13)δ= 147. 3, 147. 8.MS(ESI-TOF+),理论值 1078. 48,C64H67N60sP; 测量值[M+H]+1080.08, [M+Na]+1102. 11.
[0079] 对于茈修饰的A亚磷酰胺单体,通过该方法也可以快速合成。
[0080] 实施例4磷酸位置萘酰胺基乙醇修饰亚磷酰胺单体的合成
[0081] 2g (4-二甲氨基-1,8-萘二甲酸酐)溶解在30ml乙醇中,溶液通氮气10分钟,加 热至80°C后用注射器加入0. 55ml乙醇胺,数分钟后溶液澄清并回流12小时。反应液浓缩 后过柱,洗脱极性P:E3:1 - 1:1(加1%三乙胺)得到N,N-二甲胺基萘酰胺基乙醇,产率 约为70 %~90 %。i-NMR (400MHz, CDC13):δ (ppm) 8. 54 (d, J=8Hz, 1H),8. 42 (dd, J1=J2 =J3 = 4Hz, 2H),7. 64 (t, J1 = J2 = 8Hz, 1H),7. 08 (d, J = 8Hz, 1H),4. 44 (t, J1 = 8Hz, J2 =4Hz, 2H),3. 97 (t, J1 = 4Hz, J2 = 8Hz, 2H),3. 12 (s, 6H)·13C-NMR (100MHz, CDC13) : δ (p pm) 165. 42, 164. 94, 156. 95, 133. 05, 131. 67, 131. 17, 130. 22, 125. 08, 124. 61, 122. 71, 114. 54, 113. 11, 62. 22, 44. 80, 42. 78.
[0082] 在氮气保护的环境下,将N,N-二甲胺基萘酰胺基乙醇溶解在THF中,加入0. 2mL 三乙胺,并将上述溶液滴加到双(二甲基氨)氯膦的二氯甲烷溶液中。室温过夜反应后, 将干燥的DMT保护的胸腺嘧啶核苷酸与四氮唑的THF溶液加入上述反应液,并继续反应 2小时。柱分离(洗脱剂极性为DCM:EA= 4:1 - 3:1,加3 %三乙胺)得到白色固体。 31P-NMR(162MHz,CDC13)δ= 148. 33 和 148. 42,质谱(Μ++Κ)980· 78。
[0083] 对于萘酰胺修饰的其他A,G和C亚磷酰胺单体,通过该方法也可快速合成。
[0084] 实施例3寡聚核苷酸的合成、纯化和性质研究
[0085] 寡聚核苷酸使用ABI394DNA合成仪以1μΜ规模进行合成。实施例2制备的PM-2 和实施例1制备的ΡΒ-2在进行偶合时,延长偶合时间至300s,偶合效率与天然的DNA亚磷 酰胺单体一致,不低于95%。合成完毕后,向固相CPG中加入新鲜浓氨水室温振摇24小时, 浓缩后,以400μLTEAA缓冲液溶解,经0. 22μΜ滤膜过滤后,使用Varian320HPLC进行分 离。分离柱使用XDB-C18反相柱(5μM,9. 4X250mm)。洗脱溶剂:A液,0. 05MTEAA缓冲液; B液,乙腈。洗脱梯度:0 - 20min,B:0 - 40% ;20-30min,B:40-80% ;B:30 - 35min, 80-90% ; 35 - 38min,B:90-90%;38-45min,B:90-0%B;流速:2mL/min。收集组分,真空浓缩后,加入 80%冰醋酸溶液振摇30分钟;真空浓缩后,以400yLTEAA重新溶解,使用上述分离条件重 新HPLC分离。磷酸位置芘修饰寡聚核苷酸序列经ESI-Mass质谱确认,结果正确。
[0086] 本发明中使用的寡聚核苷酸序列如下:
[0087]SO:5 ' -TCAACATCAGTCTGATAAGCTA- 3,;
[0088]Sl:5,-TCAACATCAGTCTGATAAGCTA- 3,;
[0089]S2:3,-AGTTGTAGTCAGACTATTCGAT- 5,;
[0090]Mml:3, -AGTTGTAGTCAN^CTATTCGAT- 5r ;
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